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为了掌握的背景特征的水环境和生物资源崇明东滩鸟类国家级自然保护区,提供数据支持的保护在长江口中华鲟资源,并提供一个参考的管理和决策。保护区于2020年在1991年首次开展了水环境资源监测。目前，今年的监测工作已经顺利完成，并取得了预期的效果。

监测工作对保护区及邻近水域的水生态环境、水沙动态、水生生物资源和中华鲟种群进行了季节性调查和监测。调查期间，在保护区水域共调查了4门68种浮游植物;浮游动物12类49种;底栖动物底泥7门20种，阿什网3门27种;潮间带鱼类11种，有25种目;潮下水生生物3类48种，其中鱼类10目28种，节肢动物14种，软体动物6种。

今年的调查分析了保护区春、夏、秋、冬四个季度的水文、水质和泥沙状况。完成年度水文和沉积动力学分析，进行年际对比。潮下的水生资源的状态分析四季的春天,夏天,秋天和冬天,和潮间带水产资源的状态在夏季和秋季,基本上掌握了浮游植物、浮游动物、底栖生物和早期资源调查水域,水生维管植物和渔业资源的背景特征。